یک آتشفشان زیر آب عظیم فوران می‌کند و گروهی از دانشمندان تحقیقاتی را در خطر قرار می‌دهد. آنها توسط یک زیردریایی اتمی به نام آلفا تحت فرماندهی کاپیتان مک‌کنزی نجات می‌یابند. این گروه به سرعت به یک شهر زیر آب وسیع به نام عرض جغرافیایی صفر منتقل می‌شود، یک یوتوپیا شگفت‌انگیز به سبک آتلانتیس، دنیایی زیر اقیانوس با خورشید خود. به زودی مشخص می‌شود که کاپیتان مک‌کنزی در جنگ با دکتر مالیک، یک دانشمند ظالم است که می‌خواهد بر بشریت حکومت کند و در عین حال آزمایش‌های ژنتیکی بر روی انسان‌ها و حیوانات انجام می‌دهد. مالیک عوامل خود را برای ربودن دکتر اوکادا، یک دانشمند انسانی که سرمی برای ایمن‌سازی در برابر تابش ایجاد کرده است، می‌فرستد.