پس از تاثیر دوم، توکیو-۳ تحت حمله هیولاهای غول‌پیکر به نام فرشتگان قرار دارد که به دنبال نابودی بشریت هستند. هدف کودک شینجی مبارزه با فرشتگان با هدایت یکی از واحدهای مرموز اوانگلیون است. این فیلم بازسازی شش قسمت اول سری انیمه معروف گایناکس در سال ۱۹۹۶ است. این فیلم برای انتشار DVD به "اوانگلیون: ۱.۰۱" و برای نسخه‌ای با صحنه‌های اضافی به "اوانگلیون: ۱.۱۱" تغییر نام داده شد.