هزار سال پیش، سامانه خورشیدی ما توسط بیگانگان عظیم‌الجثه به نام گاونا نابود شد. بشریت کشتی‌های فضایی عظیمی ساخت تا به دنبال سیاره‌ای برای آرامش زندگی کند. این داستان دربارهٔ سفینه‌ای به نام سیدونیا است که با گاونا می‌جنگد و تمرکز اصلی بر ناگاته تانی کازه است، نوجوانی مرموز که به یکی از خلبانان ربات‌های نگهبان تبدیل می‌شود و به شکارچی آتشین به نام شوالیه سیدونیا تبدیل می‌شود.