در آینده‌ای دور، تتسورو پسری انسانی است که می‌خواهد بدنش با یک بدن رباتی جایگزین شود. این امکان‌پذیر است، اما برای انجام این کار او باید به سیاره جاودانان برسد و این سفر را با قطار فضایی گالاکسی اکسپرس 999 انجام دهد. مایتل، زنی زیبا و مرموز با ظاهری روسی، در این سفر طولانی به او ملحق می‌شود. هر قسمت شاهد ورود قهرمانان ما به ایستگاه قطار فضایی یک سیاره جدید هستیم.