با کشف شهر آتلانتیس توسط فرماندهی دروازه ستاره در کهکشان پگاسوس، دکتر الیزابت ویر و سرهنگ شپارد یک مأموریت علمی به این شهر باستانی و متروکه را رهبری می‌کنند. هنگامی که به آنجا می‌رسند، تیم نه تنها نمی‌تواند با زمین تماس بگیرد، بلکه کاوش‌های آنها به طور غیرمنتظره‌ای دشمنان مرگبار باستانی، یعنی وریت‌ها، را بیدار می‌کند که برای این طعمه جدید گرسنه‌اند. حالا با کمک متحدان محلی جدید مانند تیلا امگان، تیم آتلانتیس به کشف رازهای خانه جدیدشان می‌پردازد در حالی که جنگ بقا علیه وریت‌ها آغاز می‌شود.